Postup Církve je v záležitosti Garabandalu - jako vždy v obdobných případech - velmi opatrný. A to přesto, že je nesčetné množství očitých svědků garabandalských událostí (včetně extází, levitací a dalších zázračných úkazů), že existují autentické fotografie a videozáznamy, že jsou registrována prokazatelná uzdravení nemocných a mnohá obrácení k Bohu.
Nejprve ustavil tehdejší apoštolský administrátor Don Doroteus Fernandez, jenž dočasně spravoval santanderskou diecézi po úmrtí biskupa José María Eguino Trecu, diecézní vyšetřovací komisi. Ta přistupovala k věci od počátku s nedůvěrou a snažila se vizionářky - zejména Conchitu - přesvědčit, aby autentičnost svých zážitků ze zjevení minimálně zpochybnily, což se zčásti podařilo. Správce diecéze vydal v krátké době postupně čtyři dekrety s negativním stanoviskem ke garabandalským událostem (26. 8. 1961, 7. 9. 1961, 19. 11. 1961 a 27. 11. 1961).
Nový santanderský biskup Eugenio Beitia Aldazabal, který se ujal úřadu 27. 1. 1962, akceptoval negativní konstatování citovaných diecézních dekretů a 7. 10. 1962 sám podepsal nótu, v níž garabandalská zjevení neuznal. Odmítavé stanovisko nezměnil až do své rezignace na funkci santanderského biskupa 23. 1. 1965.
Závěrů svého předchůdce se podržel i nově jmenovaný biskup Vincente Puchol Montis. Ten nakonec uveřejnil 17. 3 1967 vyjádření, podle něhož nebylo v Garabandalu žádných zjevení ani poselství a všechny jevy je možno vysvětlit přirozenou cestou. O několik týdnů později zahynul Mons. Puchol za volantem svého automobilu.
Mezitím, na žádost sekretáře Kongregace pro nauku víry kardinála Ottavianiho, jela Conchita na počátku roku 1966 se svou matkou a knězem do Říma. Setkala se s kardinálem Ottavianim a dalšími vatikánskými činiteli. A za přítomnosti kardinála Marelly byla 19. ledna 1966 přijata v soukromé audienci papežem Pavlem VI., který jí řekl: „Conchito, žehnám ti a se mnou ti žehná celá Církev.“
Přestože prvotní postoj diecézní církevní hierarchie k událostem v Garabandalu byl velmi skeptický, nejvyšší hierarchie v Římě toto negativní stanovisko nepřevzala.
Příznačné je, že nedávno kanonizovaný sv. P. Pio z Pietrelciny byl přesvědčen o pravosti garabandalských zjevení. Conchita od něj dostala 3. března 1962 dopis, v němž P. Pio tlumočí všem vizionářkám vzkaz od Panny Marie. Při příležitosti své cesty do Říma v lednu 1966 Conchita tohoto světce osobně v San Giovanni Rotondo navštívila. A P. Pio před svou smrtí požádal svého spolubratra P. Bernardino Cennamo, aby Conchitě předal roušku, kterou bude po smrti přikryta jeho tvář. Předání se uskutečnilo v Lurdech v říjnu 1968, měsíc po světcově smrti.
Hluboké duchovní pouto pojilo Conchitu také s blahoslavenou Matkou Terezou z Kalkaty, která byla mj. kmotrou třetí Conchitiny dcery a v roce 1987 se rozhodla pro duchovní adopci každého kněze ze santanderské diecéze jednou sestrou své kongregace. Toto výmluvné gesto přijal santanderský biskup Juan Antonio del Val Gallo (druhý nástupce tragicky zemřelého biskupa Puchola) s velkou vděčností a možná se právě takto otevřela cesta ke konečnému pozitivnímu přijetí garabandalských zjevení v této diecézi.
Biskup del Val, který byl ještě jako mladý kněz svědkem dívek v extázi, jmenoval v roce 1982 farářem v Garabandalu horlivého kněze, pocházejícího z této vísky, Dona Juana Gonzalese Goméze, jenž byl také svědkem událostí v čase zjevení. Doporučil mu, aby bratrsky přijal každého kněze, který Garabandal navštíví a aby pro garabandalské poutníky sloužil denně mši sv.
Český kněz - františkán v Garabandalu
Biskup del Val potvrdil v exkluzivním rozhovoru na videokazetě o Garabandalu, že poselství z Garabandalu jsou teologicky správná. Ustavil také skupinu teologů, kterou vedl biskup Astrogi Briva Benavento z Léonu, aby znovu zkoumala všechny skutečnosti spojené s událostmi v Garabandalu. Po své demisi (podané po dosažení věkové hranice), odeslal spolu se svým nástupcem dokumentaci vytvořenou šestiletou prací teologů v listopadu 1991 do Říma.
Nástupce Mons. del Val, jímž byl José Vilaplana Blasco (uvedený do biskupského úřadu 29. 9. 1991 - v den svátku sv. archandělů Michaela, Gabriela a Rafaela) přijal v srpnu 1996 vizionářku Jacintu, která od něj získala souhlas k tomu, aby se mohla zúčastnit konference v Mexiku a tam dovolit přítomným klanět se kříži políbenému Panou Marií v Garabandalu. Směla také přijmout pozvání do Kanady.
Následující santanderští biskupové žádná svá stanoviska ve věci Garabandalu nezveřejnili.
Je třeba poukázat na pozitivní reakce a přijetí zjevení některými jinými biskupy: Mexický arcibiskup z Jalapa Manuel Pio Lopez schválil „Modlitbu k Matce Boží z Garabandalu“ a současně potvrdil, že nenalézá v garabandalském zjevení nic, co by bylo v rozporu s katolickou vírou a usuzuje, že v garabandalských zjeveních jsou znaky, že „je tam Bůh“. Podobně biskup ze Saltillo Luis Guizar Barragan schválil šíření informací o garabandalských zjeveních ve své diecézi jako „zcela shodných s učením Církve“ a biskup z Manchestru Ernest Primeau udělil imprimatur tiskovině o Garabandalu.
Biskup z portugalského Leira Joao Pereira Venancio, jehož jméno je trvale spojeno s Fatimou, měl výsadu častých rozhovorů s fatimskou vizionářkou sestrou Lucií, která velmi dobře znala Conchitu. Biskup také Conchitu osobně dvakrát navštívil a dne 12. července 1983 prohlásil mj.: „Poselství, dané v Garabandalu Nejsvětější Pannou, je totožné s tím, které předala ve Fatimě, pouze aktualizované pro naši dobu.“
Římská Kongregace pro nauku víry doposud stanovisko nezaujala. Posledním vyjádřením této kongregace je dopis jejího prefekta kardinála Josepha Ratzingera, pozdějšího papeže Benedikta XVI., ze dne 28. 11. 1992, adresovaný biskupovi ze Santanderu José Vileplanovi Blasco. Kardinál Ratzinger zde nadpřirozený charakter zjevení nepotvrzuje, ale ani nevyvrací. Reaguje tak na žádost biskupa, obsaženou v dopise z 12. 11. 1991 a vyslovenou též při jeho návštěvě kongregace v roce 1992, o vyjádření k událostem v Garabandalu z let 1961 až 1965.